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高新技术企业认定部门一般是科技部、财政部、税务总局负责全国高新技术企业认定工作的指导、管理和监督。各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构。认定机构下设办公室，由省级、计划单列市科技、财政、税务部门相关人员组成，办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。
进行高企认证的企业的创新主要是自主创新，其特点为自主技术创新不可能在技术的每一个环节上都是创新的，但其中的核心技术或主导技术是由企业依靠自身力量立研究开发而获得的，这是“自主”的含义所在。目标具有率先性，自主创新的技术成果具有占性。知识和能力的支持是创新成功的内在基础和必要条件。自主开发技术的创新模式，主要用于全新创新或重大的突破性技术创新，它需要有很大研究与发展的投入，有较雄厚的技术力量，并有较多的技术积累。在竞争中取得地位时，采取这种模式。
研发人员的统计1.1统计的难点a.部分申报企业特别是中小型企业的管理层，在对整个企业的生产、经营进行管理的同时，往往也参与研究开发工作，如何将其薪酬计入研究开发活动没有明确规定。b.有些研究开发项目的研究开发活动涉及多个部门，甚至多个企业，在这种情况下人员人工的归集和分配也比较困难。c.有不少申报企业为了达到增加研究开发费用总额的目的，将研究开发项目立项书中未列示的管理人员（包括）、生产人员的薪酬计入研究开发人员人工。 1.2应对措施a.检查应付工资、管理费用明细账，全年各月份工资表，全年个人所得税申报表，劳动合同、教育背景（必要时通过检查明，以确定研发人员是否具备相关背景）、工作经验和参加社会保险等资料，结合研究开发部门人员名单，确定研发人员的工用是否真实，计算是否准确。 b.对受雇的研发人员，需取得累计实际工作时间在183天以上的证据。 c.对企业存在多个研究开发项目的，按实际参与的项目进行归集。若研发人员同时参与两个或两个以上项目，应按统计的工作量进行分摊。如申报企业因不能准确地对工作量进行统计而常采用其他方法进行分摊，应检查其分摊的合理性。
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