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目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
层要重视研发部门的设置 包括人员的配备和设备的配备。要重视研发部门与财务部门的沟通与协调。研发部门在制订研究开发项目立项报告的基础上与财务部门共同建立研发投入核算体系，建立研发人员的绩效考核奖励制度。研发部门与财务部门共同按月编制研究开发项目立项报告及企业研究开发项目情况表，以各个研发项目为单位分别进行测度并加总计算研发费用。
建立材料、工装准备控制制度 财务部门在每月的月底处理完所有的研究开发项目的领料单、出库单。财务部门和研发部门每月核对领料情况，财务部门作为研发费用记账依据的原材料领用单经过研发部门有关负责人签署。财务部门依据各研究开发项目的工装准备费用单据计算各项目的工装准备费用。
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